Чтобы разблокировать секретную концовку, необходимо победить Нипулона, с которым связан предпоследний контракт в игре. Как только сделаете это (или и вовсе убьете Гармантуса), вернитесь к телепорту и выберите второй вариант. После этого выберите Nova Sanctus и идите в офис Клагга. Попав в его кабинет, подойдите к столу и возьмите ключ-карту, расположенную рядом с его компьютером.
Когда возьмете ключ-карту, вернитесь к телепорту в доме и отправляйтесь в людскую гавань в Неизвестном секторе. Как прибудете туда, поднимите свой взгляд и прыгайте по платформам сверху. Чтобы добраться до более высоких уровней, нужно использовать реактивный ранец. Вскоре вы доберетесь до платформы с красным светом и закрытой дверью. Когда это произойдет, посмотрите вверх, чтобы увидеть мигающий красный свет. Используйте джетпак, чтобы лететь к свету.
Как только доберетесь до вершины, следуйте по пути, пока не обнаружите дверь с табличкой «Вход воспрещен». Вам нужно использовать ключ-карту, которую получили ранее, чтобы открыть эту дверь. Когда войдете в комнату, получите достижение Sequel-Bait. Используйте ульту Суизи, чтобы пройти через вентиляционные отверстия впереди. Продолжайте следовать по основному пути; в конце концов, вы доберетесь до ученого. Когда он закончит говорить, Кенни пошутит о том, что придется дождаться продолжения, чтобы увидеть, что произойдет. Когда выйдите из комнаты, ы увидите работников Клагга, ожидающих вас снаружи. Они скажут, что сделают все возможное, чтобы помочь вам и человечеству. Как только беседа завершится, вы сможете покинуть людскую гавань и вернуться домой.
