— Хотя разработчики говорили, что шуток про тортик не будет, в игре присутствуют упоминания о нём.
— В главе «Побег» при уничтожении генератора нейротоксинов можно создать портал на движущихся поверхностях, хотя в первой и в остальных местах второй части игры это сделать невозможно.
— Во время разработки уровни составлялись из небольших блоков, соединённых невидимыми порталами; это позволяло быстро перекомпоновывать комнаты. Перед окончательной сдачей игры автоматика состыковывала порталы в единый уровень. Порталы остались только в подвижном ящике в последней главе, где Уитли сбрасывает на Челл неисправные турели. Внутри этот ящик больше, чем снаружи.
— Проходя финальную битву, можно открыть под Уитли и на Луне два портала одного цвета — все равно начнётся концовка. Подобная защита от неправильных действий игрока применялась и в других местах — в одной из комнат последней главы тестеры забывали, какой портал следовало открыть, и удивлялись, когда воронка не появлялась.
— В конце 6 главы в офисе наверху за раздвижной дверью, прикрытой шкафом, можно обнаружить сухой док, в котором разбросаны спасательные круги с надписью «Борей». Примечательно также то, что дверь в это помещение выбита, а вторая дверь закрыта шкафом.
— В игре можно найти несколько радио, спрятанных в труднодоступных комнатах. Эти радио передают скрытый сигнал, как и радио в первой части после обновления. Этот сигнал так же можно преобразовать в картинки, одна из которых демонстрирует куб-компаньон на Луне. Другое радио проигрывает скрытую музыкальную композицию группы The National.
— В 16-ой тестовой камере, в третьей главе, есть турель, запертая за решёткой. Если взорвать её лазером, откроется проход в тайное помещение, в котором можно увидеть четыре обычные и одну толстую турели, репетирующие финальную песню.
— В кампании в 15-й тестовой камере, восьмой главы, можно увидеть, как робот Пи-боди убегает в открывшиеся двери.
— В разделе меню «Дополнительно» есть интерактивный тизер фильма Супер 8.
— На картине в комнате, в которой Челл находилась в анабиозе, время суток меняется со дня на ночь во время ее анабиоза.
— В одной из локаций 3-й главы перед посадкой в лифт, можно увидеть «толстую» турель, уезжающую в предыдущей кабине.
— В одной из локаций 1-й главы в гидравлической трубе лежит турель (эта первая турель, которая встречается по ходу игры). Турель неисправно моргает лазером и пытается привлечь к себе внимание, повторяя "простите", а когда игрок проходит мимо неё, турель говорит "я не такая". Позже, ближе к концу 4-ой главы, эту же турель можно обнаружить на ленте конвейера, которая несёт её в печь. Турель призывает к себе игрока теми же словами "я не такая" и если игрок спасает её от гибели в печи, турель благодарит его и начинает говорить странными, на первый взгляд не имеющими смысла предложениями, в том числе произносит фразу "её зовут Кэролайн".