— При первом посещении Цитадели, Шепарда остановит турианец, и скажет что по показаниям приборов коммандер мертв. Этого турианца зовут Харон — пряма отсылка к древнегреческой мифологии, где Харон является перевозчиком душ умерших людей, через подземную реку Стиксю
— Первое время работая с СУЗИ, Джокер будет сетовать на то, что в старой «Нормандии» всё было куда тише и спокойнее. Можно предложить ему отключить звук, но тогда Джокер ответит, что в таком случае СУЗИ будет напоминать ему ребенка, зловеще смотрящего ему в спину, а после — неожиданно устраивающего пожары. Это отсылка на игру F.E.A.R., в которой была девочка Альма (зловеще смотрящая, а после устраивающая пожары). Позже, подключая СУЗИ напрямую к системам корабля, Джокер спрашивает «кого будут винить когда мы все станем живыми батарейками» — аллюзия на фильмы серии «Матрица».
— На планете кроганов — Тучанке — можно встретить посла женского клана по имени Натот. В сериале «Вавилон-5» у помощницы посла нарнов было такое же имя. Кроганы, кстати очень похожи на нарнов: они такого же цвета и такие же агрессивные.
— При прохождении загружаемого контента «Касуми — Украденная память» игрок попадает в хранилище богатого коллекционера, где можно обнаружить статую огра — одного из порождений тьмы в Dragon Age
— При похищении экипажа Нормандии Джокер начинает панически ругаться, часто используя слово «shit» и выражение «what the shit», хотя логичнее было бы употребить «what the f*ck». В этом моменте можно узреть пародию на игру Gears of War, в которой главные герои очень часто аналогично выражаются, избегая в употреблении более ругательное слово «f*ck».
— При выполнении задания на лояльность Тали на корабль Мигрирующего Флота вторым компаньоном можно взять Легиона. В таком случае при высадке начнутся яростные прения. При выборе фраз устрашения в диалоге с охранником стыковочного шлюза на вопрос :"Что вы сделаете?", Шепард ответит: «Сниму шлем и надышу вам полный корабль микробов!». Это аллюзия на фильм «Кин-дза-дза»(!).
— В системе Память (Центр Аида), все планеты названы в честь трагически погибших советских космонавтов: Волков, Пацаев, Добровольский и Комаров.
— В миссии по найму Самары, там где находится шкаф с оружием — сидят азари и турианец. Если приглядеться к турианцу то можно заметить что там сидит Найлус Крайк — турианец-спектр, который был убит Сареном в первой части Mass Effect.